Ecoloog Joop Ouborg krijgt subsidie om de oorzaken van het uitsterven van planten te achterhalen met genetische technieken. Een novum.
Grofweg kent de biologie twee richtingen: de ecologen en de moleculair biologen. De eerste groep vind je in het veld of in de kas, het tweede type tref je aan in het laboratorium. “Er is altijd een scheiding der geesten geweest,” vertelt ecoloog Joop Ouborg. “Veldbiologen zagen nooit veel in een moleculaire aanpak: te technisch en te duur. Moleculair biologen vonden de ecologen maar softies.” Joop Ouborg is een ecoloog die zich niet laat hinderen door dergelijke klassieke grenzen. Hij brengt de moleculaire biologie in de ecologie. Onlangs ontving hij een Amsterdamse prijs en een NWO-subsidie van 260 duizend euro om met genetische methodes de oorzaak te achterhalen van het uitsterven van kleine populaties. Zo bestaat het idee dat bedreigde planten lijden aan inteelt. Omdat de natuur in Nederland sterk versnipperd is geraakt, zullen planten kruisen met planten die genetisch verwant zijn. Bij inteelt neemt de genetische variatie af. Ouborg: “Maar dat idee is nooit goed getest. Het zou bijvoorbeeld ook kunnen dat soorten uitsterven omdat de bodemkwaliteit slecht is, of het water of de lucht.” Daarom gaat Ouborg op allerlei plaatsen in ons land monsters nemen van duifkruid, een plant die op de lijst met bedreigde soorten staat. Hij bepaalt vervolgens de activiteit van genen met zogeheten DNA-chips. Dat zijn glasplaatjes waarop tienduizenden genen liggen.
“Voor duifkruid moet die DNA-chip nog gemaakt worden. Dat doen we met het UMC St Radboud, het bedrijf Keygene in Wageningen en het Amerikaanse Agilent Technologies. We brengen eerst de duifkruidgenen op het glasplaatje, vervolgens zullen we er genetisch materiaal van de verzamelde duifkruidplanten opbrengen. Slecht genetisch materiaal dat actief is, blijft plakken op het glasplaatje en dat is zichtbaar te maken. Zo wordt duidelijk welke genen actief zijn.” Dan weet Ouborg nog niet of er sprake is van inteelt. Daarom zal hij kunstmatig een inteeltpopulatie maken van duifkruid. Als hij dat op de DNA-chips brengt, weet hij hoe de genetische activiteit van een inteeltpopulatie eruit ziet. Dat vergelijkt hij met de profielen van de verzamelde populaties, om vervolgens te controleren of kleine – uitstervende – populaties inderdaad meer last hebben van inteelt.
Voor het inteeltexperiment moet Ouborg de kas en het veld in én in het DNA-lab. Ouborg slecht de klassieke biologische barrières. /GvC